logo hermes 02-4488 2954; 02-4920 6938 @hermeslab.sk logo agilent
Bioanalyzátor a TapeStation

image
Bioanalyzátor
Vďaka automatizovanej elektroforéze umožňuje systém Agilent 2100 Bioanalyzer meranie veľkosti, kvantity a čistoty vzoriek DNA, RNA a proteínov.
  • Predpripravené súpravy kitov a reagencií pre množstvo aplikácií.
  • Minimálne množstvo vstupnej vzorky (1 až 4 µl).
  • Jednoduché použitie – vložte chip, stlačte „štart“ a prístroj vykoná zvyšok za vás.
  • Digitálne dáta pre pohodlnú analýzu, archiváciu a ukladanie.
  • Minimalizácia kontaminácie.
  • Certifikovaný servis.
  • V súlade s RoHS smernicou Európskej únie.
image
TapeStation
Systém Agilent 4200 TapeStation ponúka automatizované spracovanie vzoriek pre rýchlu a spoľahlivú kontrolu kvality vzoriek v rámci sekvenovania novej generácie (NGS), microarray (aCGH), alebo kvantitatívnej PCR (qPCR).
  • Plne automatizované spracovanie 1 – 96 vzoriek (v mikroskúmavkách, stripoch či platničkách)
  • Predpripravená Screen-tape technológia umožňujúca jednoduché prepínanie medzi DNA a RNA metódami.
  • Spoľahlivé výsledky za 1-2 minúty na vzorku.
Bioinformatika

image
  • Cartagenia Bench Lab (Alissa Clinical Informatics)
    Softvér určený pre laboratóriá klinickej genetiky a laboratóriá molekulárnej patológie, ktorý skráti pracovný čas pomocou automatizácie vyhodnocovania a reportovania výsledkov. „Cloud-based“ platforma pripojená k širokému spektru zdrojov a databáz pre zabezpečenie spoľahlivosti výsledkov.
  • OneSight
    Platforma určená na analýzu cfDNA, pomocou ktorej môžu výskumníci generovať unikátne vizuálne grafy z údajov získaných z NGS. Softvér slúžiaci na analýzu prítomnosti chromozomálnych a subchromozomálnych aneuploidií vo vzorkách cfDNA. Riešenie je kompatibilné s najbežnejšími NGS platformami a kitmi určenými na prípravu knižníc.
Microarray

image
SureScan Microarray Scanner
Microarray skener slúžiaci na skenovanie sklíčok bežného formátu 1”x 3” (25 x 75 mm) s užívateľom nastaviteľným rozlíšením (2, 3, 5 až 10 µm na pixel) a s dynamickou autofokusáciou pre každý spot počas celého skenovacieho cyklu. Systém založený na simultánnom meraní intenzity fluorescencie značenej nukleovej kyseliny hybridizovanej k microarray sondám.
  • Autoloader (automatický dávkovač) pre 24 sklíčok s kontinuálnym napĺňaním kazety aj počas skenovania.
  • Automatické načítanie nespracovaných dátových súborov do softvéru Feature Extraction.
  • Zabudovaná ochrana proti ozónu.
  • Výroba certifikovaná podľa normy ISO 13485.
image
SureScan Dx Microarray Scanner
Certifikovaný microarray skener pre in vitro diagnostiku (CE-IVD) s vysokou citlivosťou, rozlíšením a flexibilitou určený nielen pre CGH, CGH+SNP, ale aj Gene Expression microarray experimenty.
  • Kvalitné údaje, ostré obrázky, skeny s vysokým rozlíšením.
  • Zabudovaná ochrana proti ozónu.
  • Výroba certifikovaná podľa normy ISO 13485.
image
Microarray Hybridization Oven
Hybridizačná piecka navrhnutá pre optimálnu hybridizáciu Agilent microarray sklíčok. Variabilita v nastavení teploty a rýchlosti.
image
Feature Extraction Software
Softvér umožňujúci automatické načítanie a spracovanie až 100 microarray obrázkových súborov naraz. Schopný nájsť a umiestniť microarray mriežky (gridy), odstrániť a označiť odľahlé pixely, stanoviť veľkosti a pomery intenzít a vypočítať štatistickú spoľahlivosť.
  • Integrácia s nástrojom Agilent SureDesign (určeným nielen na vlastný dizajn) pre automatické sťahovanie súborov a softvérových protokolov.
  • Špecifické reporty kontrôl kvality pre dané aplikácie poskytujúce metriky zacielené na experiment.
  • Kompatibilný s niektorými skenermi, ktoré nie sú výrobkami spoločnosti Agilent Technologies.
image
Microarray sklíčka
Ponuka širokého spektra microarray sklíčok a reagencií pre cytogenetiku (CGH, CGH+SNP, CNV), expresiu génov a špecifickú analýzu (miRNA, ChIP-on-chip, exón, DNA metylácia). Využívanie patentovanej SurePrint technológie bezkontaktnej tlače oligomonomérov na sklíčka. Možnosť dizajnu microarray sklíčok podľa vlastných požiadaviek a predstáv s veľkým výberom modelových organizmov.
PCR

image
SureCycler
PCR & Reverse-Transcription PCR
Gradientový SureCycler 8800 termocyklér navrhnutý pre jednoduché použitie vďaka ľahkému ovládaniu, intuitívnemu softvéru vybavenému PCR sprievodcom, ako aj prednastaveným programom a farebnej dotykovej obrazovke s veľkými tlačidlami.
  • 12 teplotných gradientových zón bez zníženia presnosti alebo uniformity
  • Systém ponúkajúci obe funkcie: vysoká rýchlosť (6°C/sek) a široké rozpätie objemov (10-100 µl)
  • Vymeniteľný blok pre 96- alebo 384- jamiek
  • Možnosť spustenia, ukončenia a monitorovania experimentov pomocou vzdialeného prístupu
image
AriaMx
qPCR (Real-Time PCR)
Plne integrovaný kvantitatívny PCR systém určený na amplifikáciu, detekciu a analýzu dát. Moderný dizajn je kombináciou termálneho cykléra, modulárneho optického systému s LED excitačným zdrojom a komplexným softvérom na analýzu dát. Prístroj môže obsahovať jeden až šesť optických modulov. Možnosť práce s rôznymi chemikáliami (fluorescenčné farbivá SYBR® Green a EvaGreen, TaqMan sondy, HRM chemikálie), vďaka čomu systém ponúka široké spektrum analýz:
  • Gene Expression analýzy
  • Genotypizácia/HRM
  • mRNA kvantifikácia
  • NGS kvantifikácia: príprava knižníc, validácia výsledkov
  • Monitorovanie nukleových kyselín
  • Detekcia vzácnych alelických diskriminácií
image
AriaDx
qPCR (Real-Time PCR)
QPCR systém certifikovaný pre in vitro diagnostiku (CE-IVD) je ideálnym riešením do klinických laboratórií. Unikátny modulárny a flexibilný dizajn, intuitívne rozhranie farebnej dotykovej obrazovky, pokročilá tvorba výsledných reportov, monitoring prostredníctvom integrovanej diagnostiky.
  • Gene Expression analýzy
  • mRNA kvantifikácia
  • NGS kvantifikácia: príprava knižníc, validácia výsledkov
  • Monitorovanie nukleových kyselín
  • Detekcia vzácnych alelických diskriminácií
image
PCR Reagencie a kity
Automatizácia

Zariadenia na narábanie s kvapalinami umožňujúce jednoduchšie, presnejšie a efektívnejšie narábanie so vzorkami.

image
Príprava vzoriek na analýzu proteínov
Príprava vzoriek proteínov môže byť technicky aj časovo náročná úloha, pre ktorú Agilent ponúka automatizované riešenia.
AssayMAP Affinity Purification umožňuje účinné spracovanie 8 až 96 proteínových vzoriek. V ponuke sú tiež dedikované riešenia pre mapovanie peptidov, analýzu biomarkerov, obohacovanie fosfopeptidov a prípravu N-glykánových vzoriek.
image
Automatizované pipetovacie stanice
Inovatívne kartridžové technológie v Bravo Platform ponúkajú stabilitu a univerzálnosť, kým Vertical Pipetting Station poskytuje excelentný pipetovací výkon pri aplikáciách vyžadujúcich prácne a presné narábanie s roztokmi.
image
Manažment mikroplatničiek
a robotika
Doplnky pre manažment mikroplatničiek a robotické systémy ponúkajú automatizované riešenia pre riadenie a urýchlenie procesov v laboratóriu.
Systémy BenchBot Robot a BenchCel automatizujú prácu a ukladanie mikroplatničiek. V ponuke sú tiež zariadenia na uzatváranie a značenia platničiek, vďaka čomu sa zrýchľuje a sprehľadňuje tok vzoriek.
CRISPR/Cas

To, čo v r. 1987 objavom tzv. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) hypoteticky odhalilo imunitný systém baktérií, sa o 2 dekády neskôr v podobe CRISPR/Cas9 systémov stalo jednou z najviac používaných technológií umožňujúcou pokrok v genetickom inžinierstve, syntetickej biológii a funkčnej genomike.

Natívny CRISPR/Cas systém je tvorený dvomi genetickými komponentami: operónom obsahujúcim konzervované Cas gény a CRISPR arraymi obsahujúcimi tzv. spacer sekvencie oddelené identickými opakovaniami. Cas operón je aktivovaný ako časť signálnej kaskády v odozve na infekciu. Spacery sa stávajú integrálnou súčasťou genómu ako genetická pamäť na predchádzajúce infekcie. Iné Cas proteíny iniciujú obranné mechanizmy proti cudzorodej DNA. V konečnej fáze komplexy malých crisprových RNA a Cas nukleáz degradujú cudzorodú DNA a neutralizujú infekciu. Z troch typov CRISPR/Cas systémov sa pre genetické manipulácie používa typ II pre jeho schopnosť efektívneho štiepenia dsDNA in vivo aj in vitro. Systém obsahuje okrem tzv. pre-crRNA aj tzv. tracrRNA komplementárnu k opakujúcim sa sekvenciám v pre-crRNA. Štiepenie s Cas9 je vysoko špecifické a využíva Watson-Crick párovanie medzi crRNA a cieľovou DNA. RNA komplex formovaný párovaním báz medzi tracrRNA a crRNA je esenciálnou časťou systému. V r. 2012 však bolo demonštrované, že tzv. single guide RNA môžu nahradiť tieto dva komponenty. Tento objav znamenal expanziu v použití a flexibilite CRISPR/Cas9 pre genetické modifikácie s mnohými aplikáciami. Odvtedy bolo publikované enormné množstvo článkov demonštrujúcich výhody tejto platformy na širokej palete buniek aj organizmov. Kľúčom k týmto úspechom je aj možnosť pomocou Cas9 klonovať fragmenty DNA dlhšie ako 5 kb a jednoducho modifikovať viac miest paralelne. CRISPR/Cas taktiež ponúka výhody zacielenia nekódujúcich oblastí a konzistentnejšie a reprodukovateľnejšie výsledky v porovnaní s RNAi technológiou.

Kým cieľovo-selekčný mechanizmus tracrRNA:crRNA pracuje efektívne v prírode, Cas9 nukleáza nasmerovaná chimérickou sgRNA umožňuje programované štiepenie DNA v rámci nástroja genetického inžinierstva CRISPR/Cas9. sgRNA môže byť vytvorená z oligonukleotidov pomocou in vitro transkripcie alebo syntetizovaná. Agilent SurePrint technológia masívnej paralelnej oligosyntézy tak maximalizuje silu CRISPR/Cas9 metódy možnosťou využiť tisíce rôznych sekvencií sgRNA za rozumnú cenu, a to vo forme tzv. single alebo aj tzv. pooled knižníc. Skríningové experimenty využívajúce tzv. pooled CRISPR libraries sú oveľa komplexnejšie ako využitie CRISPR systému k modifikácii jednotlivého genomického lokusu.
Naštartujte svoj CRISPR/Cas výskum dnes – jednoducho a s istotou!
Systémy CRISPR/Cas sa používajú najmä pre editing génov (silencing, enhancing alebo úplná zmena špecifických génov). Pomocou špecificky dizajnovaných CRISPR guide RNA možno genóm organizmov štiepiť v takmer každej požadovanej oblasti.

Či už potrebujete vysoko účinnú nukleázu pre „custom“ sekvencie alebo je cieľom testovať efekty „off-target“ štiepenia pred samotným uskutočnením editovania v bunkách – SureGuide Cas9 nuclease je spoľahlivé riešenie pre in-vitro CRISPR/Cas aplikácie. Tieto kity obsahujú purifikovaný proteín Cas9 ako aj in-vitro gRNA synthesis kit, využiteľný na generovanie tzv. RNA guides.

Vďaka patentovanej a osvedčenej platforme syntézy DNA založenej na arrayoch (SurePrint technológia) je Agilent jednou z mála spoločností s potenciálom generovať na vysokej úrovni tzv. high fidelity pools of guide RNA libraries. Katalógové CRISPR Guide Libraries zacieľujú všetky exonické sekvencie v genóme človeka a myši a sú ideálne pre tzv. genome-wide functional screening. Tieto GeCKO knižnice sú v prípade Agilentu špecifické veľmi nízkym zastúpením chybných „guides“ a najuniformnejšou reprezentatívnosťou naprieč knižnicou.

Pre aplikácie vyžadujúce odlišné klonovacie postupy alebo ďalšiu „customizáciu“ odporúčame neamplifikované gRNA knižnice podľa Vášho vlastného dizajnu.
FISH

Fluorescenčná in situ hybridizácia (FISH) je laboratórny postup, pri ktorom fluorescenčne značené fragmenty DNA (FISH sondy) hybridizujú s komplementárnymi DNA sekvenciami v jadre bunky. Výsledné fluorescenčné signály sú vizualizované pomocou mikroskopu a indikujú prítomnosť a lokalizáciu jednej alebo viacerých cieľových sekvencií DNA, vďaka čomu slúžia na rýchlu identifikáciu širokej škály chromozomálnych aberácií v celom genóme.
Agilent ponúka tri typy sond: break apart, dual fusion a copy number s vysokou citlivosťou a špecifitou. SureFISH sondy sú dizajnované in silico a chemicky syntetizované špeciálnou oligo synthesis technológiou (OLS). Sú dostupné v troch farbách: zelená (ex: 495nm; em: 517nm), červená (ex: 547nm; em: 565nm) a modrá (ex: 429nm; em: 470nm). Použitím IQFISH Fast Hybridization pufra sa skráti čas hybridizácie iba na 30 min.
Možnosť vytvorenia vlastného dizajnu Custom SureFISH sond prostredníctvom webovej aplikácie SureDesign.
Mutagenéza a klonovanie

Mutagenéza
Kity, reagencie a kompetentné bunky pre cielenú aj náhodnú mutagenézu, ktoré umožňujú štúdium aktivity proteínov, ako aj charakterizáciu štruktúrnych a funkčných vzťahov v bunke. Pri cielenej mutagenéze sú využívané PCR enzýmy s vysokou fidelitou pre elimináciu nežiadúcich sekundárnych chýb. Počas náhodnej mutagenézy sú zase naopak chyby vnášané error-prone DNA polymerázami spolu so špecifickými reakčnými podmienkami. Klonovanie
Vysokoúčinné klonovacie vektory, kompetentné bunky a PCR klonovacie kity umožňujúce ľahšie, rýchlejšie a spoľahlivejšie postupy ako bežné klonovacie metódy.
Pre uľahčenie výberu kompetentných buniek určených na mutagenézu a klonovanie slúži web aplikácia Competent Cell Decision Tree.

Klonovanie novej generácie / Syntetická biológia – SureVector
SureVector využíva silu syntetickej biológie tým, že umožňuje kombinovať štandardné komponenty DNA na vytvorenie vlastného prispôsobeného vektorového konštruktu. Jednoducho navrhnite vektor, objednajte alebo naamplifikujte pomocou PCR váš cieľový gén a vytvorte si Váš vlastný plazmid behom jednej reakcie. Systém SureVector využíva vlastnú enzymatickú zmes, ktorá umožňuje rýchle a spoľahlivé zloženie niekoľkých fragmentov DNA do cirkulárneho rekombinantného plazmidu obsahujúceho Váš cieľový gén.
Komponenty systému SureVector zahŕňajú: bakteriálne selekčné markery, bakteriálne počiatky replikácie, cicavčie selekčné markery, kvasinkové promótory, cicavčie a bakteriálne bunky a rôzne rozpustné/afinitné značky (tags).
Sekvenovanie novej generácie (NGS)

OneSeq
Prvé riešenie určené pre cytogenetiku a klinický výskum slúžiace na detekciu počtu kópií génov a mutácií súčasne v jednom zjednodušenom teste. Je založené na SureSelect technológii, pričom obsahuje kombináciu rôznych celogenómových „backbone baits“ – sekvencií oligonukleotidov (sond) zodpovedných za identifikáciu a naviazanie na cieľovú oblasť spolu so sondami zameranými na gény umožňujúce detekciu CNV, LOH, SNP a InDelov (inzercie a delécie).

SureSelect
Osvedčená platforma SureSelect poskytuje komplexné portfólio katalógových ako aj vlastných riešení slúžiacich na zachytenie a obohatenie vzoriek DNA a RNA o veľkosti 1kb až 24Mb. Kity dostupné pre štúdium exónov, celogenómové sekvenovanie, ako aj cieľové gény. Možnosť skráteného pracovného postupu vďaka reagenciám zabezpečujúcim iba 90-minútovú hybridizáciu. Vhodný pre všetky významné NGS sekvenátory.

HaloPlex
Inovatívny spôsob zachytávania umožňujúci vysoké pokrytie cieľových oblastí a vysokú citlivosť detekcie mutácií vďaka redundancii amplikónov. Efektívny pracovný postup, malé množstvo vstupnej DNA (200 ng), možnosť tvorby vlastných dizajnov o veľkosti až do 5Mb (až do 200,000 amplikónov). Kity dostupné aj na štúdium exónov.

ClearSeq
Katalógové panely nadizajnované so zameraním na cieľové oblasti génov súvisiacimi so vzácnymi ľudskými ochoreniami a pre komplexnú detekciu somatických variantov u solídnych nádorov a hematologických rakovinových ochorení. Vyvinuté v spolupráci s poprednými odborníkmi na výskum onkologických ochorení. Slúžiace na identifikáciu mutácií, InDelov (inzercie a delécie), fúzií génov a zmien počtu kópií génov (CNV). Všetky panely možné dodizajnovať prostredníctvom SureDesign.

Vlastný dizajn
Bezplatná web aplikácia pre tvorbu vlastných dizajnov špecifických pre výskum - SureDesign.

Analýza výsledkov
Bezplatný softvér slúžiaci na analýzu dát pre Agilent užívateľov - SureCall.
Vlastný dizajn a analýza dát

CytoGenomics
Bezplatný softvér určený pre Agilent Microarray užívateľov umožňuje kompletnú analýzu CGH a CGH+SNP microarray dát. Obsahuje optimalizované algoritmy pre presnú detekciu zmien počtu kópií génov (CNV), ako aj straty heterozygotnosti (LOH) a uniparentálnej dizómie (UPD).

GeneSpring
Softvérové riešenie, ktoré poskytuje výkonné a dostupné štatistické nástroje na intuitívnu analýzu a vizualizáciu údajov. GeneSpring, navrhnutý špeciálne pre potreby biológov, podporuje výskum a umožňuje pochopenie transkriptomiky, genomiky, metabolomiky, proteomiky a NGS dát v biologickom kontexte. GeneSpring umožňuje rýchlo a spoľahlivo identifikovať zaujímavé ciele, ktoré sú štatisticky i biologicky významné.

SureCall
Bezplatný softvér umožňujúci analýzu výsledkov dát získaných zo sekvenovania novej generácie (NGS). Prepojenie s externými databázami a zdrojmi, vrátane NCBI, COSMIC, PubMed, ClinVar.

Vlastný dizajn
Spoločnosť Agilent Technologies poskytuje bezplatné webové aplikácie určené na tvorbu vlastných dizajnov špecifických pre váš výskum, a to vďaka patentovanej výrobnej technológii SurePrint.
SureDesign
Návrh produktov pre CGH Microarray, ChiP-on-chip Microarray, DNA metylačnú Microarray, NGS Target Enrichment, CRISPR Guide RNA, FISH sondy.
eArray
Návrh produktov pre Gene Expression Microarray, microRNA, mutagenézu.
Kontakt
Hermes LabSystems, s. r. o.
Púchovská 12
83106 Bratislava
+421-2-4488 2954
+421-2-4920 6938
@hermeslab.sk
Copyright © Hermes LabSystems